식품의약품안전처는 기능성 원료의 함유 사실과 함유량을 표시할 수 있는 기능성표시식품 제도를 운영 중이다. 일반식품과 달리 특정 기능성에 도움을 줄 수 있다는 정보를 소비자에게 제공할 수 있도록 한 제도다.
기능성표시식품으로 표시하려면 과학적으로 기능성이 검증된 원료를 사용해야 한다. 건강기능식품 기능성 원료를 1일 섭취량의 30% 이상 함유해야 하며 최대 함량 기준을 넘지 않도록 제조해야 한다. 기능성 원료는 건강기능식품 제조 업소에서 생산된 것을 사용해야 하고 완제품은 HACCP 인증 업소에서 제조·가공해야 한다.
제품 앞면 라벨로 구분할 수 있다. 일반식품은 기능성 표시가 불가능하다. 기능성표시식품은 '본 제품은 건강기능식품이 아닙니다'와 '○○기능성에 도움을 줄 수 있다고 알려진 ○○이 들어있음'을 표시한다. 건강기능식품은 별도 문구와 도안이 표시된다.
소비자는 기능성표시식품이 건강기능식품이 아니라는 점을 인지해야 한다. 건강기능식품으로 오인할 수 있는 허위·과대광고에 주의할 필요가 있다.

