중기부는 공정위로부터 불공정 행위 사건을 통보받으면 중소기업의 피해 정도와 사회적 파급효과를 검토해 고발 요청 여부를 결정한다. 고발 요청이 접수되면 공정위는 검찰에 의무적으로 고발해야 한다.

최근에는 거래상 지위를 남용해 중소기업의 사업 기회를 제한한 기업에 대해 고발을 요청한 사례가 나왔다. 중기부는 거래상 지위 남용 행위에 엄정히 대응한다는 방침이다.

이 제도는 중소기업이 단독으로 법적 대응에 나서기 어려운 현실을 고려해 마련됐다. 중기부가 공정위와 검찰 사이에서 중소기업을 대리해 고발 절차를 대행하는 구조다.

다만 고발 요청이 곧바로 기소나 처벌로 이어지지는 않는다. 검찰의 수사와 법원의 판단을 거쳐야 최종 처벌이 확정된다. 중기부는 고발 요청 요건을 충족하지 못한 사건에 대해서는 시정 권고나 과징금 등 다른 제재 수단을 검토할 수 있다.